Gastroenteroloji cerrahisi ve gastroenteroloji arasında temel farklar vardır. Gastroenteroloji, sindirim sistemi hastalıklarının teşhis, tedavi ve takibine odaklanan bir tıp dalıdır. Gastroenterologlar bağırsak, mide, safra kesesi, pankreasla karaciğer gibi organların işleyişini inceleyerek hastalıkları teşhis eder ve bunların tedavisini planlar. Diğer yandan, gastroenteroloji cerrahisi bu organlarda ortaya çıkan ciddi rahatsızlıkların cerrahi müdahale gerektirdiği durumlarda devreye giren bir alt dal olarak tanımlanabilir. Gastroenteroloji cerrahları özellikle kanserler, ülserler veya obstrüksiyonlar gibi karmaşık durumları tedavi etmek için cerrahi prosedürleri uygular. Bu nedenle gastroenterologlar hastaların genellikle erken evre sindirim sistemi problemleriyle ilgilenirken gastroenteroloji cerrahları daha ciddi durumları tedavi etmeye yönelik operasyonel becerilere sahiptir. Bu iki alan arasındaki iş birliği ile sindirim sistemi hastalıklarının tam teşhis ve uygun tedavi süreci sağlanabilir.
Gastroenterolojiye hastalar genellikle dahiliye bölümü tarafından sevk edilir.