Endoskopik taş cerrahisi işlemi genellikle 30 dakika ile 2 saat arasında sürer. İşlemin süresi taşın büyüklüğüne, sayısına ve konumuna bağlı olarak değişebilir.
Hamile kadınlar: Hamilelik sırasında yapılan endoskopik işlemler, anne ve bebeğe zarar verebilir. Bu nedenle hamile kadınlara bu yöntem uygulanmaz.
Kanama bozukluğu olanlar: Endoskopik taş cerrahisi sırasında kanama riski vardır. Kanama bozukluğu olan hastalarda bu yöntem tercih edilmeyebilir.
İleri derecede kalp hastalığı olanlar: Anestezi altında yapılan endoskopik işlemler, kalp rahatsızlığı olan hastalar için riskli olabilir.
Ağır enfeksiyon geçirenler: Ağır enfeksiyon geçiren hastaların bağışıklık sistemi zayıf olduğundan, endoskopik taş cerrahisi sonrası iyileşme süreci uzayabilir.