Aşı ilk 6 ile 12 haftalık dönemde uygulanmaya başlanmalıdır. İlk doz bebek 3 aylık olduğunda tamamlanmış olmalıdır.
Çocukların bir kez rota virüs geçirdikten sonra yeniden bu hastalığa yakalanmaları mümkündür. Ancak genellikle ikinci enfeksiyon ilkine oranla daha hafif seyreder. Bunun nedeni bağışıklık sisteminin daha önceden hazırlanmış olmasıdır.
Antibiyotiklerin rota virüs hastalığına karşı herhangi bir etkisi bulunmadığı kanıtlanmıştır. Bu sebeple rota virüs tedavisinde antibiyotik kullanımına yer verilmez.
Rota virüs ishali sıklıkla adenovirüs ishaliyle karıştırılır. Ayırıcı tanı için dışkı testine ihtiyaç duyulur. Rota virüs ishalinde dışkıda kan izine rastlanmaz. Dışkı analizinde rota virüs antijeni pozitif çıkarsa kesin tanı konulabilir.
Rota virüse karşı aşı geliştirilmiştir. Ancak bu aşı tam bir koruma sağlamaz ve aşılı çocuklar da hastalanabilir. Aşı 2 aydan itibaren bebeklere ağız yoluyla uygulanır ve mutlaka 6. aydan önce yapılmalıdır. Ülkemizde 2 veya 3 doz şeklinde uygulanabilen iki farklı rota virüs aşısı bulunur ve diğer aşılarla beraber yapılabilir. Bebek eğer aşının uygulanmasından sonra kusarsa tekrarlanması gerekmez.