Alerji de kronik hastalıklar kategorisinde yer alır. Bağışıklık sisteminin ana görevi vücudu farklı hastalıklardan korumaktır. Bağışıklık hücreleri hastalığa yol açan mikroorganizmaları yok ederek onların kontrolsüz yayılmasını engeller ve böylece vücudu çeşitli hastalıklara karşı korur. Alerjik reaksiyonlar vücudun aslen zararlı olmayan çevresel maddelere karşı savunma mekanizmasını harekete geçiren durumlardır. Bu maddeler alerjiyi başlatan tetikleyicilere veya alerjenlere denir. Bağışıklık sistemine ait hücreler polen, toz böcekleri, küf ve hayvan tüylerini alerjen olarak kabul ederek aşırı bir tepki verir ve bu da alerjik bir reaksiyonun ortaya çıkmasına neden olur.
Kronik hastalıklar yaşam boyu süren ve krizlerle kendini gösteren rahatsızlıklardır. Kronik hastaların tedavileri genellikle hastaların yaşamı boyu sürmektedir. Hastalar genellikle birden fazla ilaç kullanmak zorunda kalabilir.