Mikrobiyom, çevredeki tüm mikroorganizmaların genlerinin toplamını temsil ederken, mikrobiyota belirli bir alan, örneğin sindirim sistemi içinde bulunan mikroorganizmaları ifade eder. Kısacası, mikrobiyota vücuttaki bakterilerden meydana gelirken, insan mikrobiyomu bu hücrelerin taşıdığı genlerden oluşur.
Bakteri, mantar ve virüslerin yaşadığı bu dünya olan mikrobiyota, genellikle bağırsaklarda yer alır.
Mikrobiyota veya başka bir adıyla mikrobiyom, tükettiğimiz yiyeceklerle bedenimize giren bakterilerden oluşur.