Anal fistül tedavisinin ardından hastaların doktor tavsiyelerine uyması ve düzenli kontrollerini atlamaması gerekmektedir. Aksi takdirde, tekrarlama ihtimali vardır ve bu durumda yeniden cerrahi müdahale gündeme gelebilir.
Her ne kadar nadiren görülse de uzun süre tedavi edilmeyen anal fistül nedeniyle anal bölgedeki tahribat kansere yol açabilmektedir.