Beyin iltihabı yaygın olarak sinir sistemini etkilediğinden tanı ve tedavide geç kalınması kalıcı hasarlara ya da ölüme yol açabilir.
Beyin iltihabının seyri kişi özelinde farklılık gösterir. Erken teşhis ve tedavi süreci planlaması ile çoğu hasta kısa sürede sağlığına kavuşabilir. Ancak geç kalınması durumunda hayati risk ortaya çıkabilir.
İyileşme yaşanan iltihabın şiddetine, kişinin bağışıklık durumuna göre farklılık gösterir. Denge kaybı, fiziksel güç kaybı, yürüyüş bozukluğu gibi gelişe hasarlar için rehabilitasyon ve fizik tedaviden destek alınabilir.
Hasta iyileştikten sonra erken dönemde hijyen kurallarına dikkat etmediğinde hastalığın tekrar etme riski artar.
Beyin iltihabının evde tedavi edilmesi mümkün değildir.
Virüs ve diğer mikroorganizmaların yol açtığı iltihaplanmalar çeşitli idrar ve kan testlerinde ortaya çıkabilir.