Bebeklerde laktoz intoleransı geçici veya kalıcı olabilir. Geçici laktoz intoleransı, prematüre doğan bebeklerde, ince bağırsakların doğumdan önce tam olarak gelişmemesi nedeniyle laktoz intoleransı görülebilir. Bu durum genellikle bebek büyüdükçe iyileşir. Daha nadir olarak, bebeklerde kalıcı laktoz intoleransı da görülebilir. Bu durum, laktaz enzimi üretimini sağlayan genlerde bir mutasyon olması nedeniyle oluşur. Kalıcı laktoz intoleransı tedavi edilemez, ancak laktozsuz süt ürünleri ve laktaz takviyeleri ile yönetilebilir.
Bebeklerde laktoz intoleransı tedavi edilmezse, aşağıdakiler de dahil olmak üzere bir dizi sağlık sorununa yol açabilir. Yetersiz kilo alımı, büyüme geriliği, dehidrasyon, elektrolit dengesizliği, karın ağrısı, gaz, ishal, kabızlık, alerjik reaksiyon riskine neden olabilir. Uzun vadede de gelişimsel gecikmelere, bağışıklık sistemi zayıflığına neden olabilir.